Ipinanganak sa Como, Italya noong 1702 ng marangal na kapanganakan. Sa Espanya, kung saan siya dumating na tumatakas mula sa digmaang Austrian, nakatanggap siya ng malawak na kapangyarihan upang kolektahin ang pensiyon ng mga inapo ni Moctezuma sa Royal Cajas ng Mexico.
Naglakbay siya sa New Spain noong 1736. Sa loob ng walong taon ng kanyang pananatili ay inialay niya ang kanyang sarili sa pagsisiyasat sa mga aparisyon ng Birhen ng Guadalupe, na nagtitipon ng malalaking materyal na graphic at pictographic. Itinataguyod nito ang pagkoronahan ng imaheng Guadalupan, na nagdudulot ng kawalan ng pagtitiwala sa mga awtoridad na viceregal. Siya ay binihag at ang kanyang koleksyon ay nahubaran. Pagkalipas ng buwan, nang maipatapon sa Espanya, sumakay siya sa isang barkong nahuhulog sa kamay ng mga pirata na iniwan siya sa Gibraltar.
Sa dakilang mga gawa ay nakarating siya sa Espanya at nakipag-ugnay sa kolektor na si Mariano Fernández de Echeverríay Veytia na nakamit ang kanyang pagpawalang-bisa na hinirang bilang Royal Chronicler ng Indies, isang posisyon na tinanggihan ni Boturini na italaga ang kanyang sarili sa pagsulat sa kasaysayan ng mga katutubong tao. Bagaman hindi na niya nakuha ang kanyang koleksyon, isinulat niya rito ang Catalog ng Indian Museum. Ang kanyang trabaho ay napaka-orihinal at mahusay na dokumentado. Namatay siya sa Madrid sa isang hindi tiyak na petsa, sa pagitan ng 1750 at 1755.
