Ang mga labi ng arkeolohiko ng Ixtépete, isang sentro ng seremonyal na malapit sa lungsod ng Guadalajara sa munisipalidad ng Zapopan at ang mga kamakailang natuklasan ng higit sa dalawampung baras na mga libingan sa Atemajac Valley, pinapayagan kaming maghinuha na may mga mahahalagang trabaho sa panahon ng klasikal (200 BC-650 AD)
Ilang sandali bago ang pananakop, ang lambak ay pinaninirahan ng halos lahat ng mga pangkat ng Cocas at Tecuexes, na nagpupulong sa maliliit na nayon na umaasa sa kapangyarihan ng Tonallan, na isinumite nang walang labis na pagtutol ni Nuño Beltrán de Guzmán noong 1530.
Sa pagtatapos ng sumunod na taon, isinagawa ni Guzmán ang pananakop patungo sa hilaga, na ipinagkatiwala kay Juan de Oñate na tawirin ang bangin ng ilog ng Santiago at hanggang maaari ngunit may kabutihan, natagpuan ang isang populasyon ng Espanya nang hindi inilalantad ang kanyang sarili. Kaya noong Enero 5, 1532, malapit sa Nochistlán, sa kasalukuyang Zacatecas, itinatag ang Guadalajara.
Ang mga kundisyong masama sa mga naninirahan ay sanhi ng paglipat ng lungsod na ito sa Tonalá, ngunit ang pananatili doon ay panandalian at hindi nagtagal matapos ang Hispanics ay manirahan malapit sa Tlacotan, kung saan nanatili sila hanggang 1541. Ang pag-aalsa ng mga caxcanes na mas kilala bilang giyerang Mixtón, na inilagay nito sa malubhang panganib ang kapangyarihan ng Espanya, nakarating ito hanggang sa paligid ng Guadalajara. Sa paghihimagsik na ibinagsak "sa apoy at dugo" ng makapangyarihang hukbo na pinamunuan ni Viceroy Antonio de Mendoza, nakamit ng kapayapaan ang lungsod ngunit naiwang walang trabahong katutubo, kaya, sa paghahanap nito, napagpasyahan nilang ilipat ang populasyon, na hanapin ang sapat Valle de Atemajac, kung saan ang huli at tiyak na pundasyon ay ginawa noong Pebrero 14, 1542. Nang maglaon, napatunayan ang balita na, halos tatlong taon bago, binigyan ito ng hari ng ranggo at mga pribilehiyo ng lungsod.
Noong 1546 nilikha ni Papa Paul III ang Bishopric ng Nueva Galicia at noong 1548 itinatag ang Audiencia ng parehong pangalan; Ang punong tanggapan ng parehong hurisdiksyon ay, una sa Compostela, Tepic, hanggang sa 1560 ang pagbabago nito sa Guadalajara ay iniutos, kaya't ginawang hudisyal na pinuno ng malawak na teritoryo na tinawag noon na Audiencia ng Guadalajara, ang kabisera ng Kaharian ng Nueva Galicia at ang puwesto ng Bishopric. Tulad ng bawat lungsod ng Espanya na nakalabas tulad ng isang chessboard mula sa kung ano ang plasa ng San Fernando at gayundin sa kaugalian, ang mga katutubo na kapitbahayan ng Mexicaltzingo, Analco at Mezquitán ay naiwan sa plano. Ang proseso ng ebanghelisasyon ay sinimulan ng mga Franciscan, sinundan ng mga Augustinian at mga Heswita.
Unti-unti, sa mga paghihirap at kabiguan ngunit din sa mga tagumpay, lumago at itinatag ang Guadalajara bilang isang sentro ng ekonomiya at kapangyarihan, kaya't sa kalagitnaan ng ika-18 siglo isang makabuluhang bilang ng mga mayayamang tao mula sa Guadalajara na nais ang Nueva Galicia kasama si Nueva Vizcaya na isama ang isang ganap na dayuhang pamamahala. sa New Spain, isang layunin na hindi nakamit sapagkat ang mga repormang pampulitika-administratibo noong 1786 ay nasa abot-tanaw, na binago ang istrakturang teritoryo, na hinati ang buong pamamahala sa 12 munisipalidad, isa na rito ang Guadalajara.
Sa panahon ng kolonya, lalo na noong ika-18 siglo, nag-iwan ang pang-ekonomiyang boom ng isang pamana sa arkitektura, kultura at pansining, na ang mga patotoo ay nananatili pa rin sa buong lungsod.
Ang mga pro-independiyenteng hangin na tumakbo sa buong teritoryo ng Bagong Espanya ay tumagos sa Jalisco, kaya't nang sumiklab ang Digmaan ng Kalayaan sa iba`t ibang bahagi ng Munisipyo ay mayroong mga pag-aalsa.
Noong Nobyembre 26, 1810, si Don Miguel Hidalgo, na namumuno sa isang malaking hukbo, ay pumasok sa Guadalajara at tinanggap ni José Antonio Torres, na sumakop sa lungsod ilang sandali pa. Si Hidalgo ay nagpalabas ng isang atas na nagwawaksi sa pagka-alipin, naselyohang papel, at alcabalas, at itinaguyod ang pagpi-print ng nag-aalsa na pahayagan na El Despertador Americano.
Noong Enero 17, 1811, ang mga nag-alsa ay natalo sa tulay ng Calderón at nakuha ng mga tropa ng mga maharlika ng Calleja si Guadalajara, na ipinapalagay ang utos na si José de la Cruz, na kasama ni Bishop Cabañas, ay nawasak ang anumang pagsiklab ng rebelyon.
Ipinahayag na kalayaan noong 1821, ang malaya at soberanong estado ng Jalisco ay itinayo, na iniiwan ang Guadalajara bilang kabisera ng estado at upuan ng mga kapangyarihan.
Ang kawalang-tatag na nanaig sa buong bahagi ng ikalabinsiyam na siglo sa bansa, na pinalala ng mga pagsalakay ng mga dayuhan, ay naging mahirap, ngunit hindi pinigilan ang estado at partikular ang kapital nito mula sa patuloy na pag-unlad sa iba`t ibang mga order. Ang mga nahahalatang halimbawa ay: sa ikalawang isang-kapat ng siglo, ang paglikha ng Institute of State Science; ang pagtatayo ng School of Arts and Crafts, ang Botanical Garden, ang Penitentiary at ang Pantheon ng Bethlehem, pati na rin ang pagbubukas ng mga unang pabrika.
Sa simula ng dekada otsenta, lumitaw ang mga tram ng lunsod ng traksyon ng hayop, ang ilaw ng kuryente ay na-install noong 1884, noong 1888 dumating ang unang riles ng tren sa Mexico at ang isa sa Manzanillo noong 1909. Noong dekada nobenta, itinatag ni Don Mariano Bárcena ang Astronomical Observatory at ang Industrial Museum.
Sa panahon ng rebolusyon, sa Guadalajara mayroong ilang mga kilos ng paghihimagsik laban sa diktadura ng Díaz, tulad ng welga ng mga manggagawa at protesta ng mga mag-aaral, at si Madero ay natanggap noong 1909 at 1910 na may matinding ekspresyon ng simpatiya. Gayunpaman, walang mga kagalit-galit na kaganapan sa resulta. Sa kabilang banda, ang kabisera ng Guadalajara ay nagdusa ng isang uri ng pagwawalang-kilos na natapos noong 1930 nang mapagkasunduan ang kapayapaan ng giyerang Cristeros, nagsisimula ang pagnanais para sa paggawa ng makabago na hindi pa natatapos.
Tingnan din ang Mga Lungsod ng Kolonyal: Guadalajara, Jalisco
