Umalis si Hidalgo patungong Aguascalientes at nagtungo sa Zacatecas. Mula sa Zacatecas, dumaan si Hidalgo sa mga Salinas, sa Venado, Charcas, Matehuala at sa Saltillo.
Natukoy dito na ang pangunahing mga pinuno, na may pinakamahusay na tropa at pera, ay umalis sa Estados Unidos. Kapag sila ay nasa daan na, sila ay binihag ng mga royalista noong Marso 21 sa Norias del Baján o Acatita del Baján. Si Hidalgo ay dinala sa Monclova, mula doon siya umalis noong Marso 26 sa pamamagitan ng Alamo at Mapimí at noong ika-23 ay pumasok siya sa Chihuahua. Pagkatapos ay nabuo ang proseso, at noong Mayo 7 ang unang pahayag ay kinuha. Ang pagiging simbahan ng Hidalgo ay naging sanhi upang maantala ang paglilitis sa kanya kaysa sa kanyang mga kasama. Ang pangungusap na demotion ay binigkas noong Hulyo 27 at noong Hulyo 29 ay pinatay siya sa Royal Hospital kung saan nakulong si Hidalgo. Kinondena ng Konseho ng Digmaan ang bilanggo na ilagay sa armas, hindi sa isang pampublikong lugar tulad ng kanyang mga kasama, at pagbaril sa dibdib at hindi sa likuran, kung kaya pinapanatili ang kanyang ulo. Narinig ni Hidalgo ang pangungusap nang mahinahon at naghandang mamatay.
Ang kanyang huling araw ay inilarawan tulad ng sumusunod: "Bumalik sa kanyang bilangguan, nagsilbi sila sa kanya ng isang agahan ng tsokolate, at nang makuha ito, nakiusap siya na sa halip na tubig ay ihain ang isang baso ng gatas, na tinapos niya ng isang pambihirang pagpapakita ng gana at kasiyahan. Ilang sandali pa ay sinabi sa kaniya na ang oras ay dumating na upang pahirapan; Narinig niya ito nang walang pagbabago, tumayo, at ipinahayag na handa na siyang umalis. Siya ay lumabas, sa katunayan, mula sa kakila-kilabot na kubo kung saan siya naroroon, at sa pag-asenso ng labing limang o dalawampung hakbang mula rito, tumigil siya sandali, sapagkat tinanong siya ng opisyal ng bantay kung may inalok sa kanya na magtapon ng huli; Sinagot niya ito ng oo, na nais niyang dalhin sa kanya ng ilang mga matamis na naiwan niya sa kanyang mga unan: dinala nga nila, at naipamahagi sa parehong mga sundalo na papaputukin siya at nagmamartsa sa likuran niya, pinasigla niya at inaliw sila ng kanyang kapatawaran at ang kanyang mga pinakamatamis na salita upang gawin ang kanilang trabaho; At sa pagkakaalam niyang alam na siya ay inatasan na huwag barilin ang kanyang ulo, at natatakot siyang maghirap siya ng sobra, sapagkat gabi pa at hindi malinaw na nakikita ang mga bagay, nagtapos siya sa pagsasabing: "Ang kanang kamay na ilalagay ko sa aking dibdib ay magiging , aking mga anak, ang ligtas na target na dapat mong puntahan ”.
"Ang bangko ng pagpapahirap ay inilagay doon sa isang panloob na koral ng tinukoy na paaralan, hindi tulad ng kung ano ang ginawa sa iba pang mga bayani, na pinatay sa maliit na parisukat sa likod ng nasabing gusali, at kung saan ang monumento ay ngayon. na nagpapaalala sa atin sa kanya, at sa bagong mall na nagdala ng kanyang pangalan; at nang malaman ng Hidalgo ang lugar kung saan siya hinarap, siya ay nagmartsa na may matatag at matahimik na hakbang, at nang hindi pinapayagan na mapikit ang mata niya, nagdarasal ng isang malakas at taimtim na tinig ang salmo na Miserere sa akin; Dumating siya sa scaffold, hinalikan siya ng pagbitiw at paggalang, at sa kabila ng ilang pagtatalo na hindi siya pinaupo at nakatalikod, kinuha niya ang upuan na nakaharap sa harap, ipinatong niya ang kanyang kamay sa kanyang puso, pinaalalahanan niya ang mga sundalo na ito ang ituro kung saan dapat nila siyang barilin, at ilang sandali pa ay sumabog ang paglabas ng limang mga rifle, na isa sa mga ito ay mabisang tinusok ang kanang kamay nang hindi sinasaktan ang puso. Ang bayani, na halos hindi mapusok, pinilit ang kanyang pagdarasal, at ang kanilang tinig ay nanahimik nang isa pang limang mga muzzles ng rifle ang muling pinasabog, na ang mga bala, na dumadaan sa katawan, ay binali ang mga bono na nakagapos sa kanya sa bench, at ang lalaki ay nahulog sa isang lawa ng dugo, hindi pa siya namatay; tatlong pang pag-shot ang kinakailangan upang tapusin na ang mahalagang pagkakaroon, na gumalang sa kamatayan nang higit sa 50 taon. "
Ang araw ay bahagyang ipinanganak nang naitakda na nito ang sarili sa publiko, sa isang upuan at sa isang mataas na taas, at tiyak sa labas nito. Ang kanyang ulo, kasama ang ng Allende, Aldama at Jiménez, ay inilagay sa mga bakal na bakal sa mga sulok ng Alhóndiga de Granaditas sa Guanajuato. Ang bangkay ay inilibing sa ikatlong pagkakasunud-sunod ng San Francisco de Chihuahua, at noong 1824 ang puno ng kahoy at ang ulo ay dinala sa Mexico, upang ilibing nang may lubos na solemne.
