Ang kolonisasyon ng mga malalayong lupain ay nakamit salamat sa hindi matitinag na kalooban at walang pagod na gawain ng isang pangkat ng mga misyonerong Heswita na, alam na ang mga mananakop ay hindi magagawang mapasuko ang mga katutubong tao, nagpasyang dalhin ang ebanghelyo sa kanila, sa gayon naabot ang salitang ano na hindi nakamit sa pamamagitan ng mga armas.
Sa gayon, sa pagtatapos ng ikalabimpitong siglo, sa ilalim ng masigasig na pagkusa ng Heswita na si Eusebio Kino, na kumuha ng pahintulot mula sa mga awtoridad sa Espanya na magsimula sa paglalakbay ng Admiral Isidro Atondo y Antillón, ang mga misyonero ay dumating sa pinaniniwalaang isang isla, upang ebanghelisado ang mga hindi nakalaan na mga naninirahan. Upang bigyan ang pahintulot, ang Crown ay gumawa ng isang kundisyon na ang pananakop ay isinasagawa sa pangalan ng Hari ng Espanya at na ang mga misyonero mismo ay kumuha ng mga mapagkukunan upang maisakatuparan ang gawain.
Ang unang misyon, si Santa María de Loreto, ay itinatag noong 1697 ni Padre José María Salvatierra, na nasa Tarahumara, at iminungkahi ni Padre Kino na isagawa ang dakilang gawain. Si Santa María de Loreto ay higit sa isang daang taon ang pampulitika, pang-ekonomiya at relihiyosong kapital ng mga California.
Sa sumunod na tatlong-kapat ng isang siglo, nagtatag ang mga misyonero ng isang kadena ng labing walong napakahusay na kuta, na naka-link ng tinaguriang "maharlikang kalsada" na sila mismo ang nagtayo, na kumokonekta sa rehiyon ng Los Cabos, sa timog ng peninsula, sa kasalukuyang hangganan ng kapitbahay sa hilaga; Posible ito sapagkat kabilang sa mga misyonero ay may mga chaplain na may kaalaman sa konstruksyon at haydroliko na engineering.
Sa mga mabibigat na konstruksyon na ito ang ilan ay makakaligtas sa perpektong kondisyon, tulad ng San Ignacio, isa sa pinakamaganda at pinakamagaling na napanatili, na itinayo ni Padre Juan Bautista Luyando noong 1728; na ng San Francisco Javier, na itinatag noong 1699, na binubuo ng isang kababaang adobe chapel at bahay ng isang pari na itinayo ni Fray Francisco María Piccolo; ang kasalukuyang gusali ay itinayo noong 1774 ni Padre Miguel Barco, at dahil sa magandang arkitektura ay itinuring itong "hiyas ng mga misyon ng Baja California Sur"; na ng Santa Rosalía de Mulegé, na itinatag noong 1705 ni Padre Juan María Basaldúa, 117 kilometro sa hilaga ng Loreto, ay isa sa pinakamagandang matatagpuan, dahil itinayo ito sa isang oasis sa tabi ng dagat.
Pinagsama ng mga misyon ang kagandahan ng arkitektura at ang kayamanan ng dekorasyon na may praktikal na kapaligiran, na pinapayagan ang mga permanenteng pag-areglo na maitaguyod sa kanilang paligid. Ang mga misyonero ay hindi lamang ebanghelisado ng mga aborigine, ngunit itinuro sa kanila na gawing mabunga ang disyerto na may mga palad na pang-date; ipinakilala nila ang mga hayop at paglilinang ng mais, trigo at tubo; Nagawa nila ang lupa na gumawa ng mga puno ng prutas tulad ng abukado at igos, at upang sumunod sa mga ritwal ng relihiyon na nangangailangan ng alak at langis, kumuha sila ng pahintulot na linangin ang puno ng ubas at puno ng oliba, na ipinagbabawal sa natitirang bahagi ng Bagong Espanya, at salamat sa ngayon ay mahusay na mga alak at langis ng oliba ang ginawa sa rehiyon. At kung ang lahat ng ito ay hindi sapat, ipinakilala din nila ang mga unang rosas bushes na umunlad sa mga lupaing ito at ngayon ay pinalamutian ang mga parke at hardin ng buong peninsula.
