Ang relihiyoso na pumasok sa hindi popular na mga teritoryo ng hilaga ng New Spain ay may ideya na gawing Kristiyanismo ang mga "barbarian" na bansa at sa gayon ay isinasama din sila sa buhay pampulitika, na kalaunan ay natagpuan ang mga paaralan at lungsod sa mga nayon na dati nilang itinatag.
Upang makamit ang mga layuning ito, ang mga magulang, na palaging sinamahan ng mga armadong grupo, ay lumapit sa mga Hentil at inalok sila ng proteksyon mula sa Iglesya at sa Espanyol na Korona bilang kapalit ng pagtanggap ng edukasyong Kristiyano. Ang mga Indian na tumanggap, nagtipon upang bumuo ng isang misyon, naging isang kanlungan para sa mga Indiano at isang lugar upang malaman ang mga diskarte sa agrikultura sa Europa at iba pang mga kalakal.
Sa sandaling nakumpleto ang pasipikasyon, ang misyon ay naging isang bagong bayan na may isang simbahan, habang ang mga misyonero ay lumipat sa ibang lugar upang muling simulan ang kanilang gawaing pang-ebanghelismo. Ang sistemang ito ay mapanganib, sapagkat ang hilagang mga Indiano ay tiyak na nagtitiis ng isang tiyak na paglaban, dahil mas masungit sila kaysa sa mga nasa gitna, at tumakas sila patungo sa mga bundok.
Ang pag-convert ay nagtrabaho batay sa paggawad ng lupa at proteksyon para sa mga Indian kapalit ng pagsunod. Ang mga sumalungat ay pinarusahan, habang ang mga nagsagawa ng mga paghihimagsik ay pinatay.
Sa sandaling tipunin ang katutubong tribo, isang pangunahing nucleus o ulo ay isinama, na binubuo ng maraming mga bayan at mga pamayanan na napapailalim dito. Ang mga misyonero ay naninirahan sa ulunan at namamahala sa hindi bababa sa dalawang dumadalaw na mga nayon. Tatlo o higit pang mga misyonero ay nakasalalay sa isang rektor at isang lokal na bisita. Ang mga establisimiyento na ito ay magkasama na bumuo ng isang Lalawigan.
Una, isang simbahan na gawa sa bato ang itinayo at sa paligid nito, na may adobe, mga bahay na itinayo para sa mga prayle na mangangaral, araw, dice at mga katutubong pamilya, at sa pangkalahatan ay isang paaralan. Sa mga establisimiyento mayroong tinatawag na primitive na istrukturang pang-ekonomiya. Mayroon silang mga lugar para sa paglilinang, paghahasik ng lupa, pagbubukas ng mga kalsada at mga kanal ng irigasyon; pag-aalaga ng hayop, gulay at aktibidad ng artesano. Ang katekismo, pagbabasa, pagsusulat at musika ay itinuro sa mga paaralan.
Sa paglipas ng panahon, ang ilang mga misyon ay tuluyang naiwan dahil sa iba`t ibang mga kaganapan, tulad ng pagpapaalis sa mga Heswita noong 1767, ang pagkalat ng mga sakit na dinala ng mga Espanyol, ang mga pag-atake ng mga "barbarian" na mga Indian, ang mga kondisyon ng panahon, ang mga malalayong distansya at ang kaunting pera upang mapanatili ang mga ito. Ang ilan ay napanatili ngayon bilang mga simbahan at ang iba ay bumubuo ngayon ng mga populasyon na may higit na kahalagahan. Gayunpaman, sa ilang mga misyon ang site lamang ng kanilang paunang lokasyon ang nalalaman at sa iba pa lamang ang mga labi na natira.
Ang mga Heswita ay nagtatag ng mga misyon sa Baja California Norte at Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, hilagang Nayarit, bahagi ng Durango at Coahuila. Matapos ang kanilang pag-alis, ang mga Dominikano ay nanirahan sa hilagang Baja California, habang ang mga Franciscan ay nag-eebanghelisa kay Tamaulipas at Nuevo León at pinalitan ang mga misyonero ng Order of Loyola sa katimugang bahagi ng Baja California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango at Coahuila. Sa hilagang sentro, pagkatapos ng pag-aalsa ng mga Zacatecos - na pumipigil sa mga misyon ng Franciscan na magpatuloy - inayos ng mga katutubo ang kanilang mga sarili sa mga kumbento.
Noong 1563, nilibot ni Kapitan Francisco de Ibarra ang teritoryo na kasama ang kasalukuyang estado ng Sinaloa at nagtatag ng ilang mga bayan. Gayunpaman, ang mga ito ay tumagal ng maikling panahon at hanggang 1591 na sa pamamagitan ng utos ng gobernador ng Nueva Vizcaya, ang mga Heswitang ama na sina Gonzalo de Tapia at Martín Pérez ay inatasan na pag-eebanghelisado ang rehiyon.
Ang relihiyoso ay tumawid sa Sierra Madre Occidental noong Mayo ng parehong taon, na dumaan sa Acaponeta, Nayarit, at dumaan sa Culiacán ay nakarating sila sa lugar, kung saan noong Hunyo 6, 1591 itinatag nila ang kanilang unang gusali: San Felipe de Sinaloa.
