Itinayo sa mga dalisdis ng burol, ang istraktura ng lunsod ng lungsod na ito ay kailangang umangkop sa mga topograpikong aspeto ng kalupaan, bagaman sinusubukang igalang ang isang reticular na hugis tulad ng isang chessboard.
Sa pangmatagalan, pinapayagan ng aspetong ito na lumaki ito sa isang sinusukat at maayos na paraan, na sa paglipas ng mga siglo ay napanatili ang orihinal na katangian nito. Ang pundasyon nito ay umusbong mula sa pangangailangang protektahan at pangalagaan ang mga manlalakbay na lumipat sa pagitan ng Zacatecas at ang kabisera ng kaharian noon ng New Spain, na nagdadala ng pangunahing mga mineral at kinubkob ng mga katutubong nomad ng bansang Chichimeca. Noong mga taon 1542, Fray Juan de Ang San Miguel ay nagtatag sa paligid ng kasalukuyang lungsod ng isang bayan na may pangalan na Itzcuinapan, na nakatuon ang Archangel San Miguel bilang patron saint. Ang primitive na populasyon na iyon ay may matinding problema sa supply ng tubig, bilang karagdagan sa patuloy at marahas na pag-atake ng mga katutubong Chichimecas ng mga nakapalibot na rehiyon. Dahil dito, inilipat ng mga naninirahan sa Villa de San Miguel ang pakikipag-ayos ilang kilometro sa hilagang-silangan; doon ang lugar kung saan noong 1555, sa kahilingan ng viceroy na si Don Luis de Velasco, ang Villa de San Miguel el Grande ay itatatag ni Don ángel de Villafañe. Hiniling din ng viceroy na manirahan ang mga kapitbahay ng Espanya doon na bibigyan ng lupa at hayop, habang ang mga katutubo na naninirahan dito ay patatawarin sa pagkilala at papamahalaan ng kanilang sariling mga pinuno upang maiwasan ang mga paghihimagsik sa hinaharap.
Noong Marso 8, 1826, ginawang lungsod ito ng Kongreso ng Estado at binago ang pangalan nito, na mula ngayon ay San Miguel de Allende, bilang parangal sa tanyag na rebelde na ipinanganak doon noong 1779.
Sa loob ng kaakit-akit na kolonyal na imaheng ito, maraming tunay na kapansin-pansin na mga palasyo ng panahon ang nakalagay. Kabilang sa mga pinakatanyag ay ang Palasyo ng Munisipyo, dating ang city hall na itinayo noong 1736. Ang bahay kung saan ipinanganak si Ignacio Allende, isang halimbawa ng arkitekturang baroque ng lungsod, lalo na sa façade nito, at kung saan ay kasalukuyang Regional Museum. Ang Casa del Mayorazgo de la Canal, na may magandang neoclassical façade, ay nakumpleto sa pagtatapos ng ika-18 siglo ni José Mariano de la Canal y Hervas, alderman, dean at royal ensign. Ang matandang bahay ng Don Manor de la Canal, isang konstruksyon noong 1735 na muling naayos ayon sa isang proyekto ng bantog na arkitekto ng Espanya na si Don Manuel Tolsá noong 1809; ang gusali ay kasalukuyang kinalalagyan ng Allende Institute at itinatampok nito ang lawak ng mga panloob na looban nito, isang magandang kapilya at ang mga pambihirang arko nito. Ang House of the Inquisitor, na nagsisilbing tirahan ng komisyonado ng Banal na Opisina at nagsimula noong 1780. Ang Kapulungan ng Marqués de Jaral de Berrio, ay itinayo noong pagtatapos ng ika-18 siglo, at ng Mga Bilang ng Loja kasama ang matikas nitong harapan.
Tungkol sa arkitekturang panrelihiyon, ipinagmamalaki din ng lungsod ang mga kayamanan sa arkitektura na may pambihirang halaga, tulad ng simbahan at kumbento ng Santo Domingo, isang matitinong gusali mula 1737. Ang kumbento ng Leal de la Concepción, na kasalukuyang Cultural Center, Ito ay isang kapansin-pansin na gusali para sa kanyang malaking patio; Ito ay itinayo noong ika-18 siglo ng arkitekto na si Francisco Martínez Gudlño.
Ang kapilya ng Santa Cruz del Chorro, isa sa pinakamatanda; ang templo ng Ikatlong Order, na nagsimula sa simula ng ikalabimpito siglo. Ang magandang grupo ng templo at oratoryo ng San Felipe Neri, mula umpisa ng ika-18 siglo; ang simbahan ay mayroong masiglang baroque façade na ginawa sa rosas na quarry at pinalamutian ng isang malakas na impluwensyang katutubo. Ang loob nito ay may iba-iba at mayamang palamuti sa pagitan ng mga kasangkapan sa bahay, eskultura at mga kuwadro na karapat-dapat hangaan, bilang karagdagan sa magagandang kapilya ng Santa Casa de Loreto at ng Camarín de la Virgen, na parehong napakaganda ng pinalamutian at dahil sa debosyon ng Marquis Manuel Tomás de la Canal. Malapit sa oratoryo ang templo ng Our Lady of Health, na itinayo noong ika-18 siglo na may recessed façade na nakoronahan ng isang malaking shell.
Kabilang din sa pinaka kaakit-akit sa lungsod, ang templo ng San Francisco, mula noong ika-18 siglo, kasama ang magandang Churrigueresque façade, at ang tanyag na parokya ay halos isang simbolo ng San Miguel de Allende; Bagaman ang konstruksiyon ng neo-gothic na istilo nito ay mas kamakailan-lamang, itinayo ito sa istraktura ng lumang templo ng ika-17 siglo, ganap na iginagalang ang loob nito at ang orihinal na plano.
Napakalapit sa lungsod ay ang santuwaryo ng Atotonilco, isang ika-13 siglong konstruksyon ng mga mahinahong proporsyon na mukhang isang kuta at sa loob kung saan napanatili ang mahalagang mga kuwadro na gawa mula sa parehong siglo.
