Ang Kristiyanisasyon ng Yaquis ay ang nagpahintulot sa relihiyosong kumalat noong 1609, na tumagos sa teritoryo ng Sonora.
Sa panahon ng Colony, tumutugma lamang si Sonora sa mga dalisdis ng Sierra Madre Occidental sa loob ng mga limitasyon ng entity na iyon. Ang rehiyon na tumakbo sa hilaga mula sa Ilog Yaqui, kasama na ang Real de la Cieneguilla, ay tinawag na Pimería Baja at ang pinakahilagang rehiyon mula sa Real hanggang sa Ilog ng Colorado - na nasa kasalukuyang estado ng Arizona ng Hilagang Amerika - ay tinawag na Pimería Alta.
Kasama rin sa kasalukuyang teritoryo ng Sonoran ang isang maliit na rehiyon sa timog-kanluran ng dating kilala bilang Pimería, na matatagpuan sa estado ng Chihuahua at Ostimuri, isang lugar na matatagpuan sa baybayin ng Golpo ng California, sa pagitan ng mga ilog ng Mayo at Yaqui.
Noong 1614 ang mga misyonero na sina Pérez de Rivas at Pedro Méndez ay nagpakristiyano sa mga Mayans sa lugar ng Ostimuri, na hinati ang misyon sa tatlong Distrito: Santa Cruz (sa bukana ng Mayo), Navojoa at Tesia.
Ang Tepahues ay isinama kasama ang mga Cornicaris noong 1620. Itinatag ni Padre Miguel Godínez ang mga misyon nina San Andrés de Cornicari at Asunción de Tepahui . Sa taon ding iyon ang Rectorate of San Ignacio ay itinatag, na kasama, bilang karagdagan sa limang misyon na nabanggit sa itaas, ang mga Bacúm, Torín at Rahún, na matatagpuan sa bukana ng Yaqui.
Noong 1617 ang Yaquis ay na-convert ng mga magulang na sina Pérez de Rivas at Tomás Basilio. Sa kabila ng pagdurusa, kaguluhan, pagpapahirap, at pagpatay sa mga tao, ang pag-convert kay Sonora ay mas mabilis at mas ligtas. Pagsapit ng ika-17 siglo ang mga Heswita ay lumawak at itinatag ang misyon nina Maycoba at Yecora sa timog-kanlurang bahagi ng kanilang kilala bilang Chínipas.
Ang mga misyon mula sa Ilog Yaqui patungo sa hilaga ay nahahati sa apat na mga rektoryo: Pinangkat ng San Borja ang mga misyon ng: Cucumaripa at Tecoripa , itinatag noong 1619; Movas at Onovas, noong 1622; Sahuaripa noong 1627; Matape noong 1629; Onapa noong 1677 at Arivechi , noong 1727. Ang Rectorate ng Tatlong Holy Martyrs ng Japan na kasama ang Batuco na itinatag noong 1627, Oposura noong 1640 at Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca at San Miguel Bavispe , itinatag noong 1645. At ang Rectorate ng San Javier na nagsama ng mga misyon ng Ures noong 1636; Aconchi, Opodepe at Banámichi noong 1639; Cucurpe at Arizpe noong 1648, at Cuaquiárachi noong 1655.
Noong 1687, ang misyonerong si Eusebio Francisco Kino ay pumasok sa Pimería Alta at sinimulan ang mga misyon ng Rectorate ng Nuestra Señora de los Dolores, na itinatag: Caborca, kung saan itinalaga kay Francisco Javier Saeta na nagpapanatili ng pagsusulatan sa kanyang suportang espiritwal, Ama Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows mula sa Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera at Imuris.
Matapos ang pagpapatalsik sa mga Heswita, ang mga misyon ang namamahala sa mga Franciscan, na hindi na nagtayo pa at nilimitahan lamang ang kanilang sarili sa pagsubok na mapanatili ang mayroon nang mga iyon. Kapag ang mga Heswita ay nagtaguyod na ng mga panirahan sa Sinaloa at Sonora, ibinaling nila ang kanilang mga mata sa teritoryo ng California.
